Сегодняшняя структура ЕШО включает в себя 3 отдела центрального офиса в Милане и другие офисы в разных странах . Три составные части центрального офиса - это консультативный и редакционный отделы, а также отдел обучения.
ЕШО укрепила свои позиции в разных странах за первые 10 лет своего существования, а также увеличила объем научной деятельности.
Основная задача будущего - стать центром общей системы Европейского обучения по онкологии с целью улучшения показателей излечиваемости от рака.